–          وجود تعداد زیادی بذر علف هرز: حدود ۲۵۵ درصد بذور علفهای هرز موجود در علوفه دام ها سالم از دستگاه گواش ردشده و دست نخورده در مدفوع آنها دیده می شود که می تواند در سطح زمین شروع به رشد نموده و به سرعت تکثیر یابد.

–          تجزیه سریع مواد ازته در کود های دامی تازه سبب آزاد شدن آمونیاک و تجمع آن در مجاورت ریشه ها گشته و موجب مسمویت گیاه می شود.

–          وجود باکتریهای بیماریزا مثل ای.کولای . سالمونلا که می تواند سلامت انسان و دام های دیگر را به خطر بیندازد.

–          بالا بودن نسبت کربن به ازت در کودهای تازه:  باکتری های مسئول تجزیه کودهای حیوانی هم به کربن و هم به ازت نیاز دارند، در کودهای حیوانی تازه این نسبت بالا بوده و باکتریها بدلیل نبود ازت کافی در این کودها قادر به تجزیه آنها نیستند به همین دلیل بدون اضافه کردن ازت با استفاده از کودهای حاوی این عنصر به توده کود حیوانی تازه تجزیه میکروبی انجام نمی شود.

–          زیادی املاح در کود نیز می تواند موجب شوری هر چه بیشتر خاک زراعی گردد. و از طریق ایجاد پتانسیل اسمزی و یا مسمومیت مستقیم گیاه مساله ساز شود .

درصد ازت کود گاوی بیشتر از کود گوسفندی و کود مرغی است. ولی درصد فسفر و پتاسیم کود مرغی از کود گاوی و کود گوسفندی بیشتر است.

·بطورکلی، هر چه مقدار مواد نامطلوب مثل بذر علفهای هرز، شن، خاک، اسپور بیماریها و تخم و لارو حشرات در کود کمتر و تجزیه اولیه آن بیشتر باشد، ارزش کیفی کود بیشتر است.

·پوسیدگی کود سبب می شود که از میزان بذر علفهای هرز و آلودگی به امراض و حشرات نیز کاسته شود. برای پوسیدگی اولیه کود دامی می توان آن را در شرایطی مشابه تهیه کمپوست قرارداد .

·تجزیه کود در خاک و تبدیل آن به هوموس نیز مستلزم کافی بودن تهویه، حرارت و رطوبت در خاک می باشد این عوامل از طریق انجام عملیات مناسب زراعی تامین می شوند.